中央空调的水系统分为冷却水和冷冻水系统，其中冷却水系统主要是靠冷却塔散热。水在冷却塔中滴溅成无数小水珠或在填料表面成膜状流动，充分与空气接触，把空气中大量灰尘、微生物、可溶性盐类及腐蚀性气体带入冷却水中，使水中杂质浓度不断增加；此外由于不断蒸发、泄漏、飞散，也使水的杂质浓度提高，这将给中央空调系统的运行带来很多危害。另外，未经处理的冷却水和冷冻水腐蚀性大，极易造成盘管堵塞，机组及管路附件腐蚀，影响系统正常运行。
　　危害一 水垢
　　降低制冷效果 增加电能消耗 严重时造成主机高压事故停机
　　由于冷却塔中的冷却水与空气接触影响进入空调系统的软化水的处理效果，当循环水不断浓缩和温度变化，使水中各种离子浓度积超过其本身的浓度积时，就会生成沉淀，形成水垢。水垢的导热系数小于0.8，而冷凝器和蒸发器的紫铜管的导热系数为320，两者相差悬殊。水垢将影响热传递，这会带来两个方面的问题，首先降低制冷效果，1毫米水垢将使制冷量降低20-40%；其次将使冷凝器压力升高，增缩机正面压力差，导致电机负荷增加，多消耗电能。1毫米水垢将多消耗电能20-30%，水垢严重时将造成中央空调主机高压事故停机。此外，结垢是影响锅炉寿命的主要因素。低压和中压锅炉对水质要求稍低而高压锅炉对水质要求非常高。
　　危害二 微生物藻类
　　堵塞管道 阻碍水流动 降低热交换效率
　　冷却塔的水温在32-37℃之间，比较适应微生物繁殖。藻类、细菌和真菌快速繁殖，这些微生物分泌下大量黏液，将水中不溶性杂质粘结在一起，附着于设备和管道的内面，阻碍水的流动和热的交换，多耗电能，造成高压运行。
　　危害三 水中的腐蚀性物质
　　腐蚀设备和管道 严重时造成穿孔泄漏等重大停机事故
　　空调系统的冷却，冷冻水未经处理有极强的腐蚀性，如将普通钢片或铁丁放人水中，几天后就会出现铁锈，放置时间越长则锈蚀越严重。系统管道及设备内壁常因腐蚀造成锈渣脱落，甚至穿孔，脱落的锈渣会堵塞盘管，使空调效果下降；同时腐蚀的存在使设备的使用寿命大为缩短。一旦腐蚀穿孔，水将进入氟利昂（使用氟利昂作为制冷剂的机组）时间长将生成盐酸和氢氟酸。造成严重损害事故。溴化锂机组由于是真空设备，并且溴化锂腐蚀性极强，因而更不允许泄漏。
　　危害四 致病的细菌
　　严重威胁人类的健康
　　2005年10月，加拿大的一家养老院里暴发了肺炎，70多位老人和5名医护人员患病，已有16人死亡。此段时间禽流感闹得凶，这使人们一下子怀疑到禽流感来到人间，也有人想到了2003年的SARS。可研究人员检测了半天，也没有发现这两种病毒的踪影。10月6日，病因终于查明，原来是“军团菌”作祟。许多人不禁担心：可怕的传染病会不会袭击我们？北京朝阳医院呼吸科副主任童朝辉说，“军团病”是一种症状较重的肺炎，除了可导致肺部感染以外，其致病菌还可以对患者的神经系统、消化系统和肾脏的功能进行干扰和破坏。
据介绍，截止到目前，今年朝阳医院呼吸科已经接到2―3例散发“军团病”患者。童副主任提醒市民，夏末秋初是军团病高发季节，中央空调应定期清洗；家庭尽量避免饮用长期储存水；清晨用水切不可一打开水龙头就接来刷牙、洗脸、做饭，更不能直接饮用自来水，应把水龙头打开，让停留在水管里的过夜水流出后再用。